在一系列石英毛细管色谱柱中有5种内径较为常用。每种都有其特定的应用领域和适合的使用范围。理论上，柱效率与半径平方成反比，半径越小分离效果越好，可是半径越小，色谱柱的使用困难越多，如要求仪器的灵敏度高、时间常数小、死体积小以及柱前压大等。而柱内径大则处理量大，但柱内径过大，将导致柱内径不能均匀的分布在色谱柱中。通常使用的毛细管柱内径可分为：0.53 mm、0.32mm、0.25mm和0.20mm
0.53mm内径毛细管柱。0.53mm内径的色谱柱样品容量很大，可与填充柱相比，进样理想方式是直接在高载气流速下注入，从而减少连接体系的死体积，减少色谱峰的拖尾。0.53mm内径柱还可以配合特殊进样口装置，如：柱上进样或冷柱头进样装置，使用0.47mm外径针头的微量注射器进行柱头或冷柱头进样。
0.53mm内径柱的毛细管柱相当于由填充柱到毛细管柱的简单升级，可以自己动手对连接接头进行改造。相对简单的样品在分析时可得到比填充柱要好得多的效果，而不像常规0.25mm和0.32mm内径毛细管柱需要专用的连接装置。
0.32mm内径毛细管柱。0.32mm内径柱被认为是zui好的色谱柱，具有很好的分离能力、样品容量（取决于膜厚度）。而且弹性较0.53mm内径的好，更易安装，是色谱分析中选用zui多的一种规格。这种色谱柱也可进行柱头进样，但需要特殊的注射器。
0.25mm内径毛细管柱。0.25mm（早期多为0.22mm）内径柱具有低流失量、高分辨率的特性，也是很常用的。气相色谱-质谱联用仪多采用此规格柱，通常在规格后标有ms字符，如表1中的DB 5 ms。
0.15mm内径毛细管柱。0.15mm内径是常规气相色谱仪中50m柱的zui小内径。就功效而言，它具有zui高的分辨率，用于分析复杂化合物和宽沸程样品很理想。
0.10mm内径毛细管柱。0.10mm内径柱只在更短柱长及很高分析速度下进行应用，常用于快速色谱分析。由于柱内径较小，所以色谱柱的负载能力也就比较小，只能够容纳较少的样品，使用时要注意进样量，以保证形成尖锐的色谱峰。
