玻璃衬管是气化室的一部分，进样的物质要在这里加热气化，为了降低因衬管被污染给测定结果带来的影响，应经常对气相色谱仪衬管进行检查、清洗，必要时要更换衬管。对于的衬管保养，一般分为日常保养和定期保养。
气相色谱仪衬管的保养：
①衬管的日常保养
清洗衬管，是常用的保养方法，适用于衬管内壁被污染或有进样隔垫碎渣。
首先，从气相色谱仪气化室内将衬管小心取出，用镊子或其他小工具小心移去衬管内的残留杂屑和装填物如玻璃毛，移取过程不要划伤衬管表面。
先将衬管上端的石墨压环（或硅橡胶环）卸下，这上面易附着溶剂，会导致鬼峰。将衬管泡在有机溶剂（如丙酮）里，然后，用蘸有溶剂(如丙酮等)的纱布擦洗衬管内壁。
如果衬管内壁上的严重污垢部分擦不掉，可将衬管浸于有机溶剂(如丙酮等)中放置数小时，直到能用蘸溶剂的纱布擦净内壁。zui后，烘干（或吹干）衬管，装入新的填充物，装好衬管。
②衬管的定期保养
衬管内的装填物填装不当，或装填物、衬管内壁有活性点，可能导致分析样品被吸附或分解，直接引起实验结果重现性差。如衬管或装填的石英棉活性过高时，分析有些农药样品的色谱峰会重现性差，结果也会有很大的偏差。
一般分析极性样品时，要及时更换或硅烷化衬管和装填的玻璃棉。衬管和玻璃棉的DMCS(二甲基氯硅烷化)处理，可如下操作：
首先，将衬管、石英棉用丙酮等有机溶剂清洗，晾干后在5%DMCS/正己烷中浸泡一夜。然后，取出浸泡后的的衬管、石英棉，立即用甲醇清洗2-3次，然后在甲醇中再浸一小时左右。浸泡后取出，晾干后，装好衬管。
