只要气相色谱仪系统受到高沸点物质的污染，特别是在进样口，就可以预料色谱性能会变差。分析人员应当进行仪器的曰常维护，包括定期更换进样隔垫、清洗和老化进样口内衬管等，必要时可将接于进样口一端的毛细管色谱柱截去0.5～1m。如果依旧出现色谱性能降低和鬼峰问题，可能需要清洗进样口的金属表面。毛细管色谱柱是可靠并易于使用的，但是，为了保证气相色谱仪系统有良好的分离性能，需要注意下列特定操作：
(1)毛细管柱和色谱炉壁之间的接触可以影响色谱性能和色谱柱寿命；
(2)应当小心不使氧气进入到毛细管柱中；
(3)只有在色谱炉冷却后才可更换进样隔垫；
(4)再次加热色谱炉之前，应当先用载气冲洗色谱柱15r/min；
(5)应当使用脱氧管除去载气中的痕量氧气，脱氧管应当定期更换；
(6)无论色谱炉是否在加热，都需要有载气流经色谱柱
