气相色谱法是利用不同物质在固定相和流动相分配系数的差别，使不同化合物从色谱柱流出的时间不同，以达到分离目的方法，虽然其定量分析效果好，但定性分析比较困难；质谱法则是一种有着优良的定性分析能力，但在复杂有机化合物分析上稍显薄弱的一种方法。为了更好地分析有机化合物，研究人员将气相色谱仪和质谱仪联合起来，继而产生了能为化学家及生物化学家提供一个可以进行复杂有机化合物高效的定性、定量分析方法——气质联用仪。气相色谱-质谱联用仪的接口连接色谱仪和质谱仪，是仪器正常运行的关键，而其作用包括有：
 
1.压力匹配：质谱离子源的真空度在10-3Pa，而GC色谱柱接口的作用就是要使两者压力匹配。
 
2.组分浓缩：从GC色谱柱流出的气体中有大量载气，接口的作用是排除载气，使被测物浓缩后进入离子源。
 
气相色谱-质谱联用仪常见的接口有以下几种。
 
1.分子分离器连接(主要用于填充柱)：扩散型——扩散速率与物质分子量的平方成反比，与其分压成正比。当色谱流出物经过分离器时，小分子的载气易从微孔中扩散出去，被真空泵抽除，而被测物分子量大，不易扩散则得到浓缩。
 
2.直接连接法(主要用于毛细管柱)：在色谱柱和离子源之间用长约50cm，内径0.5mm的不锈钢毛细管连接，色谱流出物经过毛细管全部进入离子源，这种接口技术样品利用率高。
 
3.开口分流连接：该接口是放空一部分色谱流出物，让另一部分进入质谱仪，通过不断流入清洗氦气，将多余流出物带走。此法样品利用率低。