棒状薄层色谱仪目前国际上已广泛用于石油化工、石油地质、煤炭化学、精细化工、医药卫生及环境化学等方面。该仪器具有操作简便、分析速度快、分析周期短、分析数据准确等特点。该仪器主要是对气相色谱不易分离，液相色谱难以分析的有机化合物进行分析检测，尤其是对大分子化合物的族组成进行分析的唯一行之有效的手段。棒状薄层色谱是进行有机质的族组分和大分子化合物含量分析的新型工具，它的产生弥补了以往气相、液相和板薄层等色谱在有机含量分析的不足。
棒状薄层色谱仪的基本构成原理，是将以往的板薄层变成棒薄层，即将单体按一定厚度涂在圆柱体表面上，形成薄层棒作为组份分离工具，与气相色谱常用的氢火焰离子化检测技术相组合。分析原理是将常温下不挥发，在火焰中燃烧可溶性的有机样品，用溶剂稀释后点到涂有硅胶氧化铝吸附的薄层棒上，除去溶剂后放入相应的展开槽中，在一定的饱和蒸气压的环境条件下进行展开分离。经过样品展开后的薄层棒按顺序进入到氢火焰检测器中，选择一定的扫描速度，进行燃烧离化后得到对应的组份离子流图(色谱图)。由于有机样品点到薄层棒上的位置不同，需要氢火焰检测器能对薄层棒进行全方位定点扫描检测。
薄层色谱法是快速分离和定性分析少量物质的一种很重要的实验技术，常用于进行药品的鉴别，杂质检查或含量测定。在使用时，会将适宜的固定相涂布于玻璃板上，成一均匀薄层，等点样、展开后，与适宜的对照物按同法所得的色谱图作对比。
棒状薄层色谱法操作方法：
1. 薄层板制备：将1份固定相和3份水在研钵中向一方向研磨混合，去除表面的泡后，倒入涂布器中，在玻璃板上平稳地移动涂布器进行涂布(厚度为0.2—0.3mm)，取下涂好薄层的玻璃板，置水平台上于室温下晾干，后在110℃烘30分钟。即置有干燥剂的干燥箱中备用。使用前检查其均匀度。
2. 点样：用点样器点样于薄层板上，一般为圆点，点样基线距底边2.0cm，点样直径为2——4mm，点间距离约为1.5—2.0cm。点间距离可视斑点扩散情况以不影响检出为宜，点样时必须注意勿损伤薄层表面。
3. 展开：展开室如需预先用展开剂饱和，可在室中加入足够量的展开剂，并在壁上贴二条与室一样高、宽的滤纸条，一端浸入展开剂中，密封室顶的盖，使系统平衡或按正文规定操作。将点好样品的薄层板放入展开室的展开剂中，浸入展开剂的深度为距薄层板底边0.5—1.0cm，密封室盖。
4. 检测：等展开至规定距离，取出薄层板，晾干，按各品种项下的规定检测，如需用薄层扫描仪对色谱斑点作扫描检出，或直接在薄层上对色谱斑点作扫描定量，则可用薄层扫描法。薄层扫描的方法，除另有规定外，可根据各种薄层扫描仪的结构特点及使用说明，结合具体情况，选择吸收法或荧光法，用双波长或单波长扫描。由于影响薄层扫描结果的因素很多，故应在保证供试品的斑点在一定浓度范围内呈线性的情况下，将供试品与对照品在同一块薄层上展开后扫描，进行比较并计算定量，以减少误差。
棒状薄层色谱法操作注意事项：
1. 所用玻璃板应洗净不挂水珠，光滑平整。
2. 铺板要均匀，厚度适宜，并于室温下晾干后在110℃活化30分钟，置于有干燥剂的干燥箱或干燥器中备用。
3. 点样点一般为圆点，不能太大。
