国产液相色谱仪使用HPLC级或相当于该级别的流动相，并要先经0.45μm薄膜过滤。过滤后的流动相经过充分脱气，以除去其中溶解的气体（如O2），如不脱气易产生气泡，增加基线噪声，造成灵敏度下降，甚至无法分析。
 
国产液相色谱仪几中脱气方法比较：
 
1. 氦气脱气法：利用液体中氦气的溶解度比空气低，连续吹氦脱气，效果较好，但成本高。
 
2. 加热回流法：效果较好，但操作复杂，且有毒性挥发污染。
 
3. 抽真空脱气法：易抽走有机相
 
4. 超声脱气法：一种较为常见的脱气法。流动相放在超声波容器中，用超声波震荡10～15分钟，此法效果并不是太好，但操作简单。
 
如果管路中使用peek树脂部件，请不要使用下列流动相：
 
浓硫酸、浓硝酸、二氯乙酸、丙酮、四氢呋喃、二氯甲烷、氯仿和二甲基亚砜
 
特别注意
 
含有缓冲盐溶液的流动相的清洗方法：
 
1． 先用10︰90的甲醇/水冲洗，以洗去缓冲盐，清洗时间至少为一小时。
 
2． 再用70︰30的甲醇/水冲洗系统，清洗时间至少为40分钟。
 
3． 将系统保存在纯甲醇中。
 
国产液相色谱仪流动相的更换
 
在分析过程中，有时需要更换流动相进行分析。一定要注意前一种使用的流动相和所更换的流动相是不是能够相溶。如果前一种使用的流动相和所更换的流动相不能够相溶，那您就要特别注意了。要采用一种与这二种需更换的流动相都能够相溶的流动相进行过渡、清洗。较为常用的过渡流动相为异丙醇，但实际操作中要看具体情况而定，原则就是采用与这二种需更换的流动相都能够相溶的流动相。一般清洗的时间为30～40分钟，直至系统完全稳定。
 
如不进行以上“特别注意”上述步骤的操作，将会导致系统管路堵塞。严重时将引起流通池污染堵塞，不得不更换流通池。用户就要承担不必要的损失了。
 
国产液相色谱仪储液器的注意事项
 
保持流动相储液器的清洁是保证液相色谱仪正常使用的关键。要使用HPLC级的溶剂，对试剂含有缓冲盐及非HPLC级的流动相一定要用0.45μm过滤器除去其中的微粒物质。