在气相色谱仪分析中，基线问题是气相色谱仪常见的维护热点。基线问题主要包括三个方面：基线噪声大；出现跃迁、杂峰等；有规律/无规律波动等。一方面，基线噪声的大小、基线位置可以反映仪器的工作状态是否正常；另一方面，基线的杂峰、波动可能会干扰正常的样品分析和定性定量；再一方面，良好的基线状态意味着仪器系统的稳定性和分析的品质，比如更低的方法检出限等。因此需要正视气相色谱仪器的基线问题，积极排查和解决问题。
引起气相色谱仪器基线问题的原因多种多样，在日常的使用中，首先，应当从合格和可靠的供应商获取仪器耗材，如钢瓶气、进样垫、衬管等；其次，应当做好耗材的日常维护，包括气体净化装置（除水、除氧和除烃装置）、进样口进样垫（进样隔垫、注射垫）、衬管、O型圈、分流部件（分流平板、毛细柱适配器）、分流捕集阱等的清洗和更换；再则，应当做好色谱柱的老化、FID检测器喷嘴与收集极的清洗，ECD的高温老化等部件维护；再次，应当按照仪器使用说明书正确设置和操作仪器；最后，还应当注意实验室环境应当符合仪器的安装使用要求。
然而，实际的情况是，即使注意到了以上方面，基线问题在很多情况下仍然是困扰实验室分析人员的一大难题。
