通常，液相色谱柱冲洗就是把色谱柱上的脏东西和对色谱柱有损坏的东西冲出来，并且保存在合适的溶剂中；还有另一种情况，也可以算作冲洗的范畴，就是梯度方法间重新平衡色谱柱的过程。
常用的溶剂
针对于反相色谱柱，通常是用到纯的水和有机溶剂，水主要是作为冲洗掉色谱柱中的盐和其他添加剂，而有机溶剂则是用来冲洗掉一些在色谱柱上有较强保留的污染物，除了在分析中常用到的甲醇和乙腈之外，还有一些对污染物去除能力更强的有机溶剂也可以使用，比如异丙醇。
如何怎么冲洗液相色谱柱
色谱柱的冲洗，无非两个情况：正常情况下的冲洗和非正常情况下的冲洗
正常情况下色谱柱的冲洗步骤
使用不含添加剂流动相后的冲洗
正常情况下，仅仅是对色谱柱进行流动相替换和净化，对于一般的方法，只需在方法结束后使用高比例的有机相比如甲醇或者乙腈冲洗色谱柱大约20倍柱体积即可。
使用含盐或添加剂后的冲洗
如果是使用的到的方法的流动相中含有缓冲盐或者其他添加剂的时候，先要使用和方法流动相起始比例相同的纯水相替代缓冲盐一相，冲洗20倍柱体积之后，再换上高比例有机相冲洗20倍柱体积。